生物信息分析移动解决方案——SEQPAD

    SEQPAD是根据多年生物信息分析和大数据处理经验所开发的一套“软硬兼施”的生物信息分析平台。该平台解决个人用户购买服务器价格昂贵、部署麻烦、定制化服务等诸多问题，契合中小课题组需求，经济实用，可移动，更便捷。

一. 配备精悍的移动服务器硬件系统

推荐的模块组合，在此基础上，还可以提供个性化的定制服务

组合类型

测序分析能力

标准组合

转录组：20G(有Ref)/5G(无Ref)、micRNA：5G、microarray的数据：20G、LncRNA：20G

个性化组合

根据客户要求进行安装

二.全的专用服务器软件系统

预装linux操作系统，并提供全的生物信息分析软件，强大的软件帮您放大有限的硬件性能。

配备的生物分析软件：

具体分析工作

推荐安装软件

质量控制

FastQC、NGSQCToolkit、Trimmomatic

转录组分析

Tophat、Cufflinks、bowtie、Samtools、IGV、Rfam、GATK、VCFtools、VarScan等

转录组组装

Trinity等

进化分析

Structure、admixture等

miRNA分析

Bedtools、CutAdapt、HTSeq、Picard、miRDeep2、Vienna、Squid、RandFold、PDF-API2、miRanda、DIANA-microT等

序列比对

BLAST、FASTA等

芯片数据分析

gPLINK、plink等

长链非编码RNA分析

CPAT

数据可视化

R语言、Rstudio等

底层软件

Perl、Python、Cython等

Rpackage

edgeR、DESeq、cummeRbund、rrBLUP、genetics等200个package

R code

主成分分析、离散程度分析、网络可视化等等

三．全面的分析服务培训

SEQPAD支持个性化的方案设计，为您提供为期两周的RNA-seq、micRNA、芯片等数据的全套分析流程培训内容。承接基因表达谱、MiRNA表达谱、SNP分型检测。