苹果异形小卷蛾起源于埃塞俄比亚地区，是撒哈拉南部非洲的果树（尤其是柑橘）和农作物上的重要害虫。欧洲及地中海植物保护组织（EPPO）数个成员国经常截获该虫。EPPO植物检疫组决定将苹果异形小卷蛾加入EPPO有害生物警示名单。

在EPPO区域，该虫目前仅在以色列局部存在。1984年，在以色列发现于澳洲坚果上。2003年仍有发生，但局限于棉花和荨麻上。2009年，在荷兰温室辣椒上发现该虫，随后被。后来，在几个北欧(如荷兰、瑞典、英国)偶尔有昆虫学者报道该虫，但似乎并非来自定居种群。

在非洲，该虫分布于安哥拉、贝宁、布基纳法索、布隆迪、喀麦隆、佛得角、中非共和国、乍得、刚果民主共和国、科特迪瓦、厄立特里亚、埃塞俄比亚、冈比亚、加纳、肯尼亚、马达加斯加、马拉维、马里、毛里求斯、莫桑比克、尼日尔、尼日利亚、留尼汪岛、卢旺达、圣赫勒拿、塞内加尔、塞拉利昂、索马里、南非、苏丹、斯威士兰、坦桑尼亚、多哥、乌干达、赞比亚、津巴布韦。

苹果异形小卷蛾是南非一种重要的柑橘类害虫及部分非洲的棉花害虫在西非它也危害玉米。在南非柑橘类一般损失率达10-20%(Glas, 1991)。Reed1974记述乌干达的晚季棉花的损失率在42-90%之间。它在以色列已经变成澳大利亚坚果的一种重要害虫Wysoki, 1986。Blomefield1989报道说南非的对一种晚桃的损失率已超过28%。