动物行为学视频分析系统 动物行为学实验室
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系统功能 用语解释

数据库:用户为自己存放数据而由系统创建的文件。在一套系统中,可以允许多个用户共享一个系统,每个用户可以创建一个或多个数据库。数据库有密码保护。如果用户将密码遗失,可以拨打服务热线求助。

实验:指用户开展的一个研究项目,如:´´´´´´损害大鼠海马的研究。在一个数据库中可以创建多个实验项目。

动物:指在动物行为研究实验项目中的研究对象,比如:白鼠、昆虫等。通常一个实验项目中会包含多只动物。

轨迹事件:指用户要为即将进行跟踪记录的动物轨迹命名,在动物行为跟踪记录前,用户要创建轨迹事件的名称并选择适用平台,在跟踪记录后,系统将实验中的动物轨迹数据、行为事件数据、行为分析数据存放在该轨迹名下。一个动物允许包含多条轨迹事件,系统按照自然序号给出默认的轨迹事件名称,用户也可以自己定义。

事件:指在实验执行期间,需要观察和记录的动物的行为,即为事件。如:动物进入某个区域,触发了某个传感器开关,用户观察到动物的某个行为并用字母快捷键记录。这些事件记录的要素由事件名称、事件开始时间、事件持续时长组成,本软件包括区域事件、手动记录事件、外部输入事件、外部输出事件四类事件。其中手动记录事件是指用户用字母快捷键记录的动物行为的事件,外部输入事件是指动物触发了外部传感器的事件,外部输出事件是指系统根据设置对动物输出刺激的事件。

动物属性:指实验动物本身具有的各种信息,如:性别、年龄、体重、品种、产地、服用的药物等。在〈动物属性模板设计〉中,用户可以针对自己感兴趣的属性项定义一套或多套属性模板,这些模板可以在以后的实验中灵活选用。

实验平台:由于研究者需要对动物在实验装置(如:旷场实验、Morris水迷宫、迷宫等)区域内的行为活动进行研究,因此需要在系统采集到的图像中标画装置的轮廓图形,在轮廓图形内划分各个行为记录区域,供计算机系统自动识别动物运动轨迹所在的区域以及进行统计分析提供基础,这些图像区域的集合称为实验平台。在实验前,用户要进行实验平台设计,内容除划分区域图形外,还要选择视频源、跟踪算法,设置阈值、采样速率等。

视频源:供跟踪动物行为的视频来源,既可以是摄像机实时视频,也可以是AVI压缩视频文件。用户在进行“实验平台设计”或进行轨迹跟踪实验时需要选择视频源。


快速入门

一个动物行为分析实验通常要经过实验设计、实验执行、实验数据分析三个阶段。

实验设计

实验设计在整个实验中占据着非常重要的地位。简单地说,在实验设计阶段我们要确定和记录:使用多少只动物进行实验;需要关注动物的哪些信息;需要收集哪些数据;需要设计什么样的实验测定区域平台,以便对动物的行为进行的统计分析;每只动物预期进行几次轨迹测定。

,需要把参与实验动物的各种属性记录下来,这些动物属性信息可以帮助我们对实验数据进行多维度、多因素的分析,从而研究动物的行为表现与这些因素的内在关系。这些属性可以包括动物的组别、年龄、体重、品种、产地以及计划服用的药物等。

步,设计和选用实验区域平台。需要将实验平台划分为几个区域,通过对这些动物在区域内活动的统计分析,可以探究动物与影响因素之间的规律和内在关系。

本系统为用户提供了〈动物属性模板设计〉功能,允许用户根据自己的需要和偏好,自行决定需要包含哪些动物属性项。〈实验平台设计〉功能提供了圆/椭圆、扇形、多边形以及圆环图形,使用户能够非常方便地进行区域划分。这个图形工具能够使用户设计和组合出几乎所有的区域图形,使得这款软件适用于各种类型的迷宫实验。除此之外,每个实验平台之下还可以进行所属的手动记录事件设置、外部输入事件设置、外部输出控制设置,用户可以通过手动事件记录器和外部输入事件记录器,记录视频方法无法识别的动物行为,同时还可以根据时间、手动事件、外部输入事件、动物所在的区域为触发条件,实现对外部信号的控制,如:打开或关闭电刺激、声音刺激等。在实验设计时,用户需要选择“动物属性模板”和“实验平台”,如果是新建数据库,用户需要行〈动物属性模板设计〉和〈实验平台设计〉,如果是已经在使用的数据库,用户可以使用该数据库中已经建立好的“动物属性模板”和“实验平台”。

实验执行

在实验设计完成之后,可以开始执行实验了。需要选择视频源,系统既可以采集摄像机实时视频,也可以采集AVI压缩视频文件。默认的视频源是在实验平台设计中设置的。在视频播放过程中,可以开始动物轨迹的跟踪。

系统为用户提供了4种动物轨迹跟踪启动方式:

1、手动开始/结束:点击〈手动开始/结束〉按钮,系统开始跟踪或结束跟踪动物轨迹;

2、延时开始/结束:用户先设定好开始和结束的延时时间长度,点击〈手动开始/结束〉按钮,延迟到设定的开始时间后,系统自动开始跟踪记录动物轨迹,再延迟到设定的结束时间后,系统自动停止跟踪记录;

3、自动开始/结束:如果用户在平台设计中设置了开始区域和结束区域,那么当动物进入开始区域时,系统自动开始跟踪记录动物轨迹,当动物进入结束区域时,系统自动停止跟踪记录;

4、远程开关启动:用户可以通过连接在计算机串口上的远程开关启动系统开始跟踪记录动物轨迹,这个开关可以放置在迷宫旁边,便于操作。

注:远程开关启动要求计算机系统必须具备串行口,远程开关连接在串行口(com)上。

在跟踪记录过程中,系统提供了两种跟踪算法可供用户选择:灰度法和背景减法。1、灰度法适合在动物与背景间的对比度较大,背景可能会有较小变化的场景下使用。2、背景减法适合在背景复杂、背景灰度接近甚与动物灰度相同,但是背景基本不变化的场景下使用。根据背景情况选择跟踪算法,能够得到的跟踪效果。跟踪算法的选择是在〈实验平台设计〉功能中完成的。

在跟踪记录过程中,系统将记录动物运动轨迹、手动事件、外部输入事件、输出控制事件。手动事件记录器通过鼠标或快捷键来记录系统无法自动识别的动物行为。

用户可以在〈手动事件记录器设置〉菜单中按照个人操作惯自行定义快捷键所对应的动物行为事件,如:站立、理毛、进食、排泄等,事件记录器多可以定义26个动物行为事件。

外部输入事件记录器(需配置“输入输出控制器”硬件)能够记录外部监控装置产生的开关电平信号,用户可以在〈外部输入事件设置〉功能中定义输入事件,设置高电平或电平作为事件的发生。

系统可以根据预先设定的条件触发外部输出控制开关,用于控制声、光、电等外部信号,并将每次输出控制的动作记录下来。

外部输入事件和外部输出控制的数量取决于所配置的“输入输出控制器”的型号。事件记录器不但记录事件,同时还将事件发生的时刻和持续的时间记录下来,并对事件发生的次数和事件总持续时间进行统计分析,绘制事件关系图,便于用户对动物行为进行深入研究。

在跟踪记录过程中,用户还可以使用系统提供的录像功能将实时视频录制成Avi压缩视频文件,便于研究人员保存实验过程,进行后续的回顾和研究。

在执行完一次动物轨迹跟踪后,系统都会自动进行动物轨迹图形绘制和统计分析,系统提供了导出功能,可以帮助用户将每次实验轨迹数据和统计分析数据导出到Excel文件中,供用户使用第三方统计分析软件如:ExcelSPSSSAS,做进一步的研究;系统还提供了数据导入的功能,用户在对一个动物轨迹进行分析后,如果还想将该轨迹放在不同的实验平台区域设置下分析时,可以先用〈导出数据〉功能将轨迹数据导出到Excel文件,然后再将该文件通过轨迹导入功能导入到别的实验平台区域图形中进行处理,比如:在Morris水迷宫中,将一只白鼠在四象限区域平台设置下的运动轨迹进行统计分析后,再在环形区域平台设置下进行统计分析。

除了单次执行动物轨迹外,系统还具有“视频文件”批处理功能,用户在选择好适用平台后,指定一个存放了多个AVI视频文件的文件夹,可以一次处理多个动物轨迹,而不需人工介入干预。

实验数据分析

在执行完实验中所有的动物轨迹跟踪后,用户可以进行实验数据的统计分析。通过数据分析中的〈综合报表〉功能,用户先对实验数据进行筛选,设定需要显示动物的哪些属性信息,设定分组的属性项,执行统计分析,生成“统计分析报表”。统计分析功能生成3个图表:

1、组合数据表,该表包含了动物实验各次轨迹事件的相关信息和数据,如:动物属性、区域统计分析数据(各区域的持续时间、游程、进入区域的次数、潜伏期、平均速度、静止时间);

2、分组统计表,该表按照选定的分组属性对实验数据进行分组统计,计算出各分组指标(各区域的持续时间、游程、进入区域的次数、潜伏期、平均速度、静止时间)的平均值和标准偏差;

3、直方图,将分组统计表数据以直方图的方式呈现出来,用户可以直接拷贝图形,粘贴到实验报告中。

在〈综合报表〉功能中,还提供了数据导出的功能,可以将原始数据和统计分析数据导出到Excel文件中,供用户使用第三方统计分析软件如:ExcelSPSSSAS,做进一步的研究。


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