无尘车间与一般工业厂房设计有所区别，无尘车间的主要设计特点：

1、根据无尘车间生产的产品的类别、使用情况，确定设计无尘车间的控制对象及技术要求。如对生物无尘车间，其控制对象是空气中的尘粒、微生物；而不同产品或用途的无尘车间，对空气洁净度等级、空气中含有的微生物种类和浓度、压差等的要求是不同的。

2、为确保无尘车间内所必须的空气洁净度，无尘车间设计中涉及到的各个设计均应采取妥善的、可靠的技术措施，以减少或防止室内产尘、滋生微生物，减少或阻止将微粒/微生物或可能会造成交叉污染的物料带入无尘车间内，地将室内微粒/微生物排出，以减少或防止它们滞留在无尘车间内。对于因尘粒/微生物或物料的交叉污染会危害产品质量或人身安全时，还应采取安全、可靠的技术措施防止交叉感染，如严格控制不同用途的无尘车间之间的静压差，按要求合理地划分净化空调送风系统以及回风系统、新风系统的妥善设计等。

3、无尘车间设计是各工业设计技术要求的综合，尤其是无尘车间的工艺设计、建筑设计、空气净化设计和各种特殊要求的设计技术的密切协同、相互渗透和合理安排的综合设计。无尘车间应做到按照生产工艺流程、合理选择净化设备和装置、尽力实现人流和物流的顺畅短捷、气流流型选择得当、净化空调系统配置合理、各种特殊要求的技术措施得当，无尘车间的平面、空调布置合理，实现可靠经济运行的无尘车间设施。

4、无尘车间设计应确保安全生产和满足环境保护的要求。无尘车间的布局安排和各项设施的设计均必须符合消防、防火的要求，应按的有关标准、规范进行设计，由于无尘车间内的平面和空间布置特殊、走道曲折等特点，在进行各项技术设施的系统设计、设备配置和材质选择时，应特别注意按规定选用符合要求的系统、设备和材质。

5、随着科学技术的发展，工业产品的更新换代很快，人们对生活质量要求也越来越高，工业无尘车间、生物无尘车间的建造日新月异，因此无尘车间设计本身便具有高新技术特点，为了提高无尘车间建成后的技术经济效益，在进行无尘车间设计时应设法尽可能地考虑的灵活性，以便使建成后的无尘车间能随着科学技术的发展，可以方便地进行技术改造或洁净度等级改造，适应产品换代或设备更新的要求。近年来，在微电子工业超大规模集成电路生产、医药工厂无尘车间设计、建造中，模块式无尘车间、隔离装置及微环境的不断研究开发，并被广泛采用，便是一种能够适应技术发展的灵活的及有综合经济性的无尘车间设计。