环氧乙烷是一种广谱灭菌剂，可在常温下杀灭各种微生物，包括芽孢、结核杆菌、细菌、病毒、真菌等。因此可用于消毒一些不能耐受高温消毒的物品以及材料的气体杀菌，医疗器械广泛采用环氧乙烷来灭菌的，用于消毒医疗用品诸如绷带、缝线及手术器具。
环氧乙烷灭菌装置是一次性使用无菌医疗器械生产企业的关键设备，2020年新型冠状病毒疫情肆虐，口罩作为抗击疫情的道防线，佩戴合格的口罩可以过滤污染飞沫、阻断病毒传播路线。合格的口罩必须要在无菌环境中生产，才能达到防护的作用。口罩生产商一般会选择使用环氧乙烷（EO）作为口罩的杀菌消毒剂。
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